[发明专利]结直肠和乳腺癌诊断方法中的DNA甲基化在审

专利信息
申请号: 201280049431.6 申请日: 2012-08-24
公开(公告)号: CN104024427A 公开(公告)日: 2014-09-03
发明(设计)人: 彼得·劳伦斯·莫洛伊;劳伦斯·查尔斯·拉普安特;苏珊·卡尔廷·彼得森;苏珊·玛格丽特·米切尔 申请(专利权)人: 临床基因组学私人有限公司;联邦科学和工业研究组织
主分类号: C12Q1/68 分类号: C12Q1/68
代理公司: 北京集佳知识产权代理有限公司 11227 代理人: 彭鲲鹏;卢蓓
地址: 澳大利亚新*** 国省代码: 澳大利亚;AU
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摘要:
搜索关键词: 直肠 乳腺癌 诊断 方法 中的 dna 甲基化
【权利要求书】:

1.一种在个体中筛选大肠或乳腺赘生物的发生或发生倾向的方法,所述方法包括在来自所述个体的生物样品中评估由Hg19坐标Chr6:163834097-163834982限定的DNA区域的甲基化状态,其中相对于对照水平,所述DNA区域更高的甲基化水平指示赘生性大肠或乳腺细胞或者倾向于发生赘生性状态的细胞。

2.根据权利要求1所述的方法,其中所述方法包括评估选自由Hg19坐标Chr6:163834295-163834500或Chr6:163834621-163834906限定的区域之一或二者的DNA区域的甲基化状态。

3.根据权利要求2所述的方法,其中所述方法包括评估选自由Hg19坐标Chr6:163834393-163834519或Chr6:163834393-163834455限定的区域之一或二者的DNA区域的甲基化状态。

4.根据权利要求1所述的方法,其中所述方法包括评估一个或更多个选自以下的胞嘧啶残基或者相反DNA链上第n+1位处对应的胞嘧啶的甲基化:

Chr6:163834330     Chr6:163834332     Chr6:163834357

Chr6:163834373     Chr6:163834384     Chr6:163834390

Chr6:163834392     Chr6:163834406     Chr6:163834412

Chr6:163834419     Chr6:163834443     Chr6:163834448

Chr6:163834452     Chr6:163834464     Chr6:163834483

Chr6:163834653     Chr6:163834660     Chr6:163834672

Chr6:163834675     Chr6:163834678     Chr6:163834681

Chr6:163834815     Chr6:163834824     Chr6:163834835

Chr6:163834840     Chr6:163834853     Chr6:163834855

Chr6:163834858     Chr6:163834863     Chr6:163834869

Chr6:163834872。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法,其中使用以下方法检测所述DNA甲基化:

(i)甲基化特异性PCR;

(ii)MethyLight测定;

(iii)甲基化敏感性单核苷酸引物延伸;

(iv)甲基化CpG岛扩增;

(v)HeavyMethyl测定;

(vi)Headloop PCR;或

(vii)Helper依赖性链反应。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法,其中所分析的DNA区域是SEQ ID NO:1区域或基本上相似的区域,并且经历亚硫酸氢钠诱变步骤后的分离自非赘生性对照的对应区域的序列基本上对应于SEQ ID NO:5,而分离自表现出大肠或乳腺赘生物发生或发生倾向之对象的对应区域的序列基本上对应于SEQ ID NO:6。

7.根据权利要求6所述的方法,其中所利用的引物对应于SEQ ID NO:18和19或者与其基本相似。

8.根据权利要求1至5中任一项所述的方法,其中所分析的DNA区域是SEQ ID NO:2区域或基本上相似的区域,并且经历亚硫酸氢钠诱变步骤后的分离自非赘生性对照的对应区域的序列基本上对应于SEQ ID NO:7,而分离自表现出大肠或乳腺赘生物发生或发生倾向之对象的对应区域的序列基本上对应于SEQ ID NO:8。

9.根据权利要求8所述的方法,其中所利用的引物对应于SEQ ID NO:20和21或者与其基本相似。

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