[发明专利]寡核苷酸探针组以及与其相关的方法和用途

权利要求书

1.寡核苷酸探针组，其包含针对感兴趣的基因组目标序列的至少100种不同的单链寡核苷酸探针，其中每一个单独的寡核苷酸包含至少一个标记物。

2.权利要求1的寡核苷酸探针组，其中所述组包含至少200、300或400种不同的寡核苷酸探针，特别地至少500种不同的寡核苷酸探针，更特别地至少1000种不同的寡核苷酸探针。

3.权利要求1或2的寡核苷酸探针组，

i)其中每个寡核苷酸探针具有20到200个核苷酸、优选的40到175个核苷酸、更优选的60到150个核苷酸、特别是80到120个核苷酸的长度，和/或

ii)其中每个寡核苷酸探针包含至少两个或三个标记物，特别是至少五个标记物，更特别地至少10个标记物，最特别地至少15个标记物。

4.权利要求1的3的任一项的寡核苷酸探针组，

i)其中所述寡核苷酸探针组包含寡核苷酸探针的一个或更多个子集合，其中每个子集合由具有处于相同位置的标记物、具有相同序列的寡核苷酸探针组成，或

ii)其中所述寡核苷酸探针包含处在大约相等间隔的位置的标记物，特别是至少5、10、15、或20个核苷酸的间隔距离，或

iii)其中所述寡核苷酸探针包含处在预定位置的标记物，任选地，处在相互以预定距离定位的位置上。

5.权利要求1到4的任一项的寡核苷酸探针组，其中所述标记物是

i)直接地或通过接头间接地附着到核苷酸的碱基、糖、或磷酸部分，或

ii)附着于非核苷酸单位，

特别地其中所述标记物适合于通过显色反应的方式、通过金相反应的方式或通过直接或间接荧光分析的方式来检测。

6.权利要求1到5的任一项的寡核苷酸探针组，其中所述标记物是荧光标记物或半抗原，特别是荧光素染料、罗丹明染料或花青染料，或生物素、洋地黄毒苷或2，4-二硝基苯基部分。

7.前述权利要求的任一项的寡核苷酸探针组，其中所述寡核苷酸探针组包含至少1000、优选的至少2000、更优选的至少4000和最优选的至少8000的标记物总数。

8.前述权利要求的任一项的寡核苷酸探针组，

i)其中所述寡核苷酸探针互补于基因组目标序列的非重复区域，或

ii)其中所述组的寡核苷酸探针互补于基因组目标序列的有义或反义链。

9.前述权利要求的任一项的寡核苷酸探针组，

i)其中所述寡核苷酸探针在基因组目标序列内聚簇，或

ii)其中所述基因组目标序列包含人表皮生长因子受体2(人HER-2)基因座。

10.根据权利要求1到9的任一项的寡核苷酸探针组用于检测基因组目标序列的用途。

11.一种检测感兴趣的基因组目标序列的方法，所述方法包括步骤：

a)在有助于寡核苷酸探针组与感兴趣的基因组目标序列结合的条件下孵育权利要求1到9的任一项的寡核苷酸探针组和样品；和

b)检测寡核苷酸探针与基因组目标序列的结合。

12.权利要求11的方法，其中所述检测是用于诊断目的，特别是用于人类疾病，和/或用于患者中治疗处置的有效性。

13.权利要求10的用途，或权利要求11或12的方法，其中所述检测是通过原位杂交的方式进行的。

14.权利要求11到13的任一项的方法，其中

(i)步骤b)的检测是通过显色反应的方式、通过金相反应的方式，或通过直接或间接的荧光分析的方式；和/或

(ii)步骤a)的孵育在最多4小时、3小时或2小时之后，特别地在最多1小时或30分钟之后完成。

15.一种产生针对感兴趣的基因组目标序列的寡核苷酸探针组的方法，所述方法包括步骤：

a)设计与感兴趣的基因组目标序列的至少100个不同的区域互补的寡核苷酸探针组，特别地其中所述区域包含非重复序列；和

b)合成根据权利要求1到9的任一项的寡核苷酸探针组。