[发明专利]用于聚合物合成的多路复用位点

说明书

相关申请的交叉引用

本申请要求于2009年4月13日提交的美国临时申请第61/168,730号和于2009年4月9日提交的美国临时申请第61/168,170号的优先权，二者以其整体通过引用并入。

发明背景

发明领域

本文所描述的实施方案涉及聚合物合成的领域。

相关技术的描述

用于合成核酸的多种方法是可获得的。所述方法包括于2008年12月25日公开的美国专利公布第2008/0318806号中描述的那些。

发明概述

在一些实施方案中，提供了允许将不同的位点多路复用(multiplexing)在一起以允许核酸合成的设备(device)和方法。在一些实施方案中，所述多路复用允许大量次级反应(期望的结构片段(building fragment)合成和/或这样的片段的组合)在相对小的尺寸或体积中发生，同时产生相对长的长度的聚合物。在一些实施方案中，聚合物包括核酸。

在一些实施方案中，提供了用于合成期望的聚合物的方法。在一些实施方案中，方法包括以下、由以下组成或基本上由以下组成：(a)提供第一反应位点，该第一反应位点包括与反应位点的表面相连的第一单体；(b)选择性地照射第一反应位点，从而将另外的单体偶联于第一单体；(c)重复所述照射直至合成期望的单链片段，其中期望的单链片段在第一单体与表面相连时产生；(d)从表面分离期望的单链片段；(e)按照需要重复过程(a)至(d)以产生期望的数目的期望的单链片段；(f)将具有特定的长度和序列的第一期望的单链片段与具有特定的长度和序列的第二期望的单链片段相组合以产生第一亚聚合物；(g)将第一亚聚合物贮存于第一贮存位点；(h)重复过程(a)至(f)以生成第二亚聚合物并将所述第二亚聚合物贮存于第二贮存位点；和(i)将第一亚聚合物和第二亚聚合物组合以形成期望的聚合物。在一些实施方案中，照射过程导致光产生试剂(photo generated reagent)，且其中所述聚合物包括核酸。在一些实施方案中，核酸包括DNA。在一些实施方案中，过程(d)包括用破环第一单体与反应位点的表面的连接而不会非故意地将另外的单体添加到期望的单链片段的光波长照射期望的单链片段。在一些实施方案中，第一和第二期望的单链片段在组合位点组合。在一些实施方案中，第一反应位点包括与第二反应位点流体地隔离的室。在一些实施方案中，过程(f)包括将第一期望的单链片段与第二期望的单链片段组合以产生一级片段。在一些实施方案中，一级片段包括双链核酸、多链片段、或双链片段和多链片段。在一些实施方案中，过程(f)包括将i)第一期望的单链片段与ii)第二期望的单链片段，和iii)第三期望的单链片段组合以形成一级片段。在一些实施方案中，一级片段是化学连接或酶连接的，形成了第一连接的一级片段。在一些实施方案中，重复以上任意过程(例如，以上的两个过程)以形成第二连接的一级片段，且其中将第一连接的一级片段和第二连接的一级片段相组合以允许第一连接的一级片段和第二连接的一级片段相互杂交，形成二级片段。在一些实施方案中，方法还包括进行连接反应的过程，从而形成连接的二级片段。在一些实施方案中，方法还包括重复以上两个过程期望的次数以形成一种或多种另外的连接的二级片段的步骤。在一些实施方案中，方法还包括将一个或多个连接的二级片段组合以产生三级片段并连接所述三级片段。在一些实施方案中，方法还包括重复以上过程一次或多次以产生一个或多个连接的三级片段。在一些实施方案中，方法还包括将一个或多个连接的三级片段组合以产生四级片段。在一些实施方案中，方法还包括重复以上过程的方法一次或多次以产生一个或多个连接的四级片段。在一些实施方案中，方法还包括将一个或多个连接的四级片段组合以产生亚聚合物。在一些实施方案中，当形成一级片段时第一和第二期望的单链片段相互杂交。在一些实施方案中，将第三、第四、第五和第六单链片段组合并使它们相互杂交以形成一级片段。在一些实施方案中，期望的聚合物包括程序化的、特定的、和/或随机的核苷酸序列。在一些实施方案中，期望的单链片段包括程序化的、特定的、和/或随机的核苷酸序列。在一些实施方案中，选择性地照射第一反应位点，从而将单体与第一单体偶联包括100至1000nm范围中的波长。在一些实施方案中，过程(d)包括100至1000nm范围中的波长，其中过程(d)中的波长可与过程(b)和/或(c)中的波长重叠或不与过程(b)和/或(c)中的波长重叠。在一些实施方案中，方法还包括过滤过程以使反应位点中已合成的不期望的单链片段不包含在亚聚合物内。在一些实施方案中，过滤发生在过程(d)之后。在一些实施方案中，过滤过程包括尺寸排阻过滤器以使比不期望的单链片段短的单链片段在其与期望的单链片段组合之前从系统中排除或去除。