[发明专利]用于选择统计上确认的候选基因的方法

权利要求书

1.一种选择与在感兴趣的种类中的感兴趣的性状相关联的一种或多种标记的方法，该方法包括：

a)使用适当编程的计算机来进行全基因组联合作图(GWA)从而鉴定与在所述种类的种群中的所述感兴趣的性状相关联的一种或多种标记；

b)使用适当编程的计算机来进行以下各项之一从而鉴定与所述感兴趣的性状相关联的一种或多种标记：

i)嵌套联合作图(NAM)；以及

ii)表达数量性状基因座(eQTL)分析；

c)将在步骤(a)中鉴定的每个标记在所述种类的物理遗传图谱上进行比对；

d)将步骤在(b)中鉴定的每个标记在步骤(c)中所述的物理遗传图谱上进行比对；并且

e)选择从以下比对产生的任何重叠标记：或者在步骤(c)中的标记与在所述种类中的在相同基因座处的在步骤(d)中映射(mapped)的标记的比对，亦或在步骤(c)中的标记与在其它种类的同线区中的在相同基因座处的在步骤(d)中映射的标记的比对。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述种群是通过在一个单共同亲本系与多个创立系中的每一个之间杂交产生的近交种群。

3.如权利要求2所述的方法，其中所述种群包括通过在所述单共同亲本与所述多个创立系的每一个之间杂交的子代的一轮或多轮自交而产生的种群。

4.如权利要求1所述的方法，其中在步骤(b)中使用单标记回归(SMR)模型和多标记回归(MMR)模型的组合来鉴定所述标记，其中：

a)在使用SMR模型对在性状值与标记基因型之间的关联进行评估之前，将非信息基因型去除；并且

b)使用逐步回归来选择用于包含在MMR模型中的辅因子标记。

5.如权利要求4所述的方法，其中所述SMR模型包括：

y_ij＝μ+x_ija+g_iu_i+e_ij

其中y_ij是在亚种群i中的个体j的表型值；

其中μ是总平均数；

其中a是QTL的加性效应；

其中g_i是亚种群i的指示变量；

其中u_i是亚种群i的效应；

其中e_ij是残差；并且

其中如果个体j携带来自共同亲本的等位基因时x_ij被定义为1，如果个体j携带来自其它亲本的等位基因时x_ij被定义为-1。

6.如权利要求4所述的方法，其中所述MMR模型包括：

y_ij＝μ+x_ija+∑(k＝1，m)c_ijkb_k+g_iu_i+e_ij

其中y_ij是在亚种群i中的个体j的表型值；

其中μ是总平均数；

其中x_ij是QTL的基因型；

其中a是QTL的加性效应；

其中m是辅因子的总数。

其中c_ijk是用于在亚种群i中的个体j的辅因子标记k；

其中b_k是辅因子标记k的效应；

其中g_i是亚种群i的指示变量；

其中u_i是亚种群i的效应；并且

其中e_ij是残差。

7.如权利要求6所述的方法，其中这些辅因子标记是基于定义的显著性水平而选择的。

8.如权利要求7所述的方法，其中所述显著性水平是小于或等于0.1。