[发明专利]干扰素治疗慢性丙型肝炎转归预测基因芯片

说明书

【技术领域】

本发明涉及一种基因芯片，具体来说涉及一种慢性丙型肝炎转归预测基因芯片。

【背景技术】

丙型肝炎病毒(HCV)感染是当前最重要的病毒感染性疾病之一。全球约1.7亿人慢性感染HCV，慢性HCV感染可能进一步发展为肝硬化甚至肝癌。由于当前尚无有效疫苗，目前每年仍新增三到四百万HCV感染者。干扰素α(IFN-α)和利巴韦林联合治疗是目前最为有效的治疗方法，但其需要皮下注射用药，用药周期很长，治疗费用昂贵，有多种药物副作用等不利因素；而干扰素治疗后的HCV持续病毒学应答仅约50％。因此发现可以对IFN-α治疗慢丙肝的预后进行预测判断的因素，无疑有助于减轻患者医疗痛苦和经济负担[1]。

基因芯片又称为DNA微阵列(DNA microarray)，可分为三种主要类型：1)固定在聚合物基片(尼龙膜，硝酸纤维膜等)表面上的核酸探针或cDNA片段，通常用同位素标记的靶基因与其杂交，通过放射显影技术进行检测。这种方法的优点是所需检测设备与目前分子生物学所用的放射显影技术相一致，相对比较成熟。但芯片上探针密度不高，样品和试剂的需求量大，定量检测存在较多问题。2)用点样法固定在玻璃板上的DNA探针阵列，通过与荧光标记的靶基因杂交进行检测。这种方法点阵密度可有较大的提高，各个探针在表面上的结合量也比较一致，但在标准化和批量化生产方面仍有不易克服的困难。3)在玻璃等硬质表面上直接合成的寡核苷酸探针阵列，与荧光标记的靶基因杂交进行检测。该方法把微电子光刻技术与DNA化学合成技术相结合，可以使基因芯片的探针密度大大提高，减少试剂的用量，实现标准化和批量化大规模生产，有着十分重要的发展潜力。

【发明内容】

本发明的目的是提供一种基因芯片，用于预测干扰素治疗慢性丙型肝炎效果。

干扰素抗病毒生物学功能的发挥主要依赖于干扰素信号通路激活后下游各种干扰素刺激基因(Interferon stimulate gene，ISG)的表达。I型干扰素与细胞表面受体结合后，通过激活JAK-STAT通路诱导下游干扰素刺激基因ISG的表达，而ISG在抑制病毒复制中可能起直接作用。病毒生活周期中的病毒进入细胞、转录、RNA定植、翻译、病毒成熟、装配及释放等多个环节，均可能成为IFN的作用靶点。既往的基因芯片分析显示IFNα诱导表达ISG数量可达近千个。对当前可查及的一些数据，如黑猩猩HCV感染模型、HCV感染者的肝组织样本和IFN-α处理的Huh7细胞检测的综合分析显示数十个ISGs的表达可能与HCV的清除有较密切相关^[2-5]。而既往经证实对HCV复制有调节作用的ISG有以下几个：①2，5’-OAS/RNase L通路可降解HCV RNA^[6]；②PKR可抑制HCVRNA的翻译过程^[7]。③近年研究显示Viperin通过其N末端的α双性分子定位于脂滴，通过SAM区抑制HCV RNA复制^[5，8]。④ISG56可抑制病毒蛋白的翻译而降低病毒水平^[9]；⑤ISG20通过其外切酶活性减少HCV RNA的水平^[10]。⑥ISG15和USP18可促进HCV的复制，并削弱了IFNa和利巴韦林联合治疗清除HCV的能力，siRNA敲除其表达可有助于加强IFN抑制HCV RNA复制的能力^[11，12]。⑦我们研究发现BST2可以抑制HCV病毒的释放。

上述体内外研究揭示了ISG与HCV清除的相关性，但这些ISG在临床上干扰素治疗慢性丙肝患者中的意义并不明确。通过对临床样本的随访研究，我们发现干扰素治疗慢性丙肝患者肝组织或者外周血单个核细胞中以下12个ISG基因(表一)在治疗前后的表达改变，在治疗早期或治疗前预测IFN治疗的长期疗效有预测价值。

表一 对干扰素治疗慢性丙肝预后有预测功能的干扰素刺激基因列表