[发明专利]一种长非编码核糖核酸靶基因预测方法

说明书

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及长非编码RNA的靶基因预测方面。 

背景技术

本发明是一种适用长非编码RNA(非编码核糖核酸，ncRNA)的靶基因预测方法。适用于长非编码RNA的生物医学研究或基础生物学研究。 

最近，高通量实验揭示在人的基因组中，只有2％碱基用于编码蛋白，而有72％的碱基是可以转录的，因此ncRNA的存在有很大的空间。人们发现在各个物种中非编码不仅数量大，种类多，而且在基因的转录和翻译、细胞分化和个体发育、遗传和表观遗传等生命活动中发挥重要的调控作用，形成了细胞中高度复杂的RNA调控网络.人类基因组以很小比率来编码蛋白，很大一部分来参与表达调控，拓宽了高等生物分子水平差异，一定程度上解释了高等哺乳动物的复杂度.研究发现一些ncRNA还参与了人类癌症等疾病的病理进程。 

一般认为大于200个核苷酸长度的转录本就是长非编码RNA。目前发现的长非编码RNA长度从几百个nt到上100knt不等。然而，这些长非编码RNA生物学作用没有完全明晰，已知作用则包括基因沉默、基因印记和反义抑制等。我们的方法可以预测非编码RNA的靶基因，适用于长非编码RNA的生物医学研究或基础生物学研究。 

参考文献 

[1]Rinn JL，Kertesz M，Wang JK，Squazzo SL，Xu X，Brugmann SA，Goodnough LH，Helms JA，Farnham PJ，Segal E，Chang HY.Functionaldemarcation of active and silent chromatin domains in human HOX lociby noncoding RNAs.Cell.2007 Jun 29；129(7)：1311-23. 

[2]Laura Poliseno et al.A coding-independent function of gene andpseudogene mRNAs regulates tumour biology.Nature，24 June 2010. 

发明内容

本发明根据长非编码RNA的靶基因作用规律，找到了一种可行的长非编码RNA的靶基因的生物信息学方法，可直接针对长非编码RNA的靶基因内进行锁定，以便于进一步的实验验证。其实施步骤如下，见图1： 

步骤一：获取感兴趣的基因集合。这些基因可以来自芯片分析结果、NLP结果或任何给定的基因列表。 

步骤二：建立长非编码RNA数据库。我们通过整合已知所有长非编码RNA数据库，形成一个全面的包含所有长非编码RNA序列的数据库。 

步骤三：顺式作用[5]是长非编码RNA的一种靶基因作用方式。我们利用基因组注释和基因组浏览器鉴定长非编码RNA的可能的靶基因。一般在启动子区域同向转录的靶基因一般是促进表达作用，反向为抑制。而在3’-UTR区域时，部分情况下反向也为促进表达，见[13]。 

步骤四：反式作用是长非编码RNA的另一种靶基因作用方式。我们利用RNAplex(http://www.tbi.univie.ac.at/～htafer/)鉴定长非编码RNA的可能的靶基因，见[15]。 

步骤五：整合步骤三、四的结果形成长非编码RNA与靶基因的映射关系。 

本方法的特征： 

本发明根据长非编码RNA的靶基因作用规律，找到了一种可行的长非编码RNA的靶基因的生物信息学方法，可直接针对长非编码RNA的靶基因内进行锁定，以便于进一步的实验验证。 

在创新性方面，其特征在于：我们的方法同时考虑了顺式靶基因反式靶基因问题。预测结果更加全面，有利于从全基因组范围内挖掘长非编码RNA的功能。 

附图说明

图1为本发明的方法基本流程 

具体实施步骤 

下面以一癌症疾病实例，做进一步的说明 

疾病类型：一种癌症 

步骤一：获取感兴趣的基因集合。这些基因来自计算机自动文献挖掘的结果。 

步骤二：建立长非编码RNA数据库。我们通过整合已知所有长非编码RNA数据库，形成一个全面的包含所有长非编码RNA序列的数据库。 

步骤三：顺式作用预测。 

步骤四：反式作用预测。 

步骤五：整合步骤三、四的结果形成长非编码RNA与靶基因的映射关系。结果见表1 

参见表1。 

以上是对本发明的描述而非限定，基于本发明思想的其它实施方式，均在本发明的保护范围之中。